扬州职业技术大学设有机械工程学院、电气与汽车工程学院、土木工程学院、资源与环境工程学院、纺织服装学院、生物与化工工程学院、电子工程学院、信息工程学院、旅游学院、管理学院、经济贸易学院、外国语学院、艺术学院、人文学院、师范学院、体育学院、园林园艺学院、医学院、数学科学学院、国际交流学院共20个教学学院。学校专业众多、科类齐全，文工并蓄、以工见长。紧密对接长三角、江苏和扬州重点发展的先进制造、环境资源及文旅创意等产业设置专业。现有高职专科招生专业62个，涉及农林牧渔、资源环境与安全、土木建筑、装备制造、生物与化工、轻工纺织、食品药品与粮食、交通运输、电子与信息、医药卫生、财经商贸、旅游、文化艺术、新闻传播、教育与体育、公共管理与服务等16个大类。职业本科专业12个，分别为：机械设计制造及自动化、机械电子工程技术、服装工程技术、生态环境工程技术、测绘工程技术、设施园艺、机器人技术、新能源汽车工程技术、制药工程技术、电子信息工程技术、婴幼儿发展与健康管理、医养照护与管理。